Medicininių atliekų apdorojimo įranga plačiai pritaikyta šiuolaikinėse sveikatos priežiūros sistemose, pirmiausia saugiam atliekų šalinimui įvairiose medicinos įstaigose ir susijusiuose padaliniuose. Didelėse ligoninėse įranga daugiausia tvarko infekcines atliekas, chirurgines atliekas, kraujo produktus, vienkartinius švirkštus, marlę ir nebenaudojamus vaistus. Šiose atliekose gali atsirasti patogeninių mikroorganizmų arba cheminių pavojų, todėl, jei jos nėra greitai gydomos, gali sukelti kryžminę infekciją ligoninėje. Medicininių atliekų apdorojimo įranga saugiai paverčia atliekas į nekenksmingas medžiagas per uždarą ciklą transportuojant ir efektyviai dezinfekuojant arba deginant, tuo pačiu sumažinant riziką, susijusią su tvarkymu rankomis.
Laboratorijose ir mokslinių tyrimų įstaigose, ypač biologinėse laboratorijose, patogenų laboratorijose ir farmacijos įmonėse, išmestos auginimo terpės, ląstelių mėginiai, laboratorinių gyvūnų skerdenos ir cheminių medžiagų likučiai reikalauja griežto apdorojimo. Medicininių atliekų apdorojimo įranga užtikrina, kad šios atliekos apdorojimo metu būtų visiškai inaktyvuotos arba išskaidytos nuo kenksmingų komponentų, užkertant kelią patogeninių mikroorganizmų nutekėjimui ar cheminės taršos plitimui, taip atitinkant biologinės saugos reikalavimus ir aplinkosaugos standartus.
Bendruomenės sveikatos priežiūros centruose, skiepų vietose, laikinosiose klinikose ar atokiose vietovėse esančiose medicinos įstaigose mobili ar mažos apimties medicininių atliekų apdorojimo įranga gali greitai ir saugiai apdoroti medicinines atliekas ribotose erdvėse, užtikrinant sklandų kasdienės medicininės veiklos vykdymą. Infekcinių ligų kontrolės ir prevencijos laikotarpiais tokio tipo įranga yra ypač svarbi, leidžianti nedelsiant sterilizuoti arba sudeginti infekcines atliekas, sumažinti perdavimo į aplinką riziką, apsaugoti medicinos personalo ir visuomenės sveikatą bei saugą.
Kai kuriose didelės apimties centralizuotose medicininių atliekų apdorojimo įmonėse taip pat naudojama pramoninė medicininių atliekų apdorojimo įranga, skirta vieningai surinkti, klasifikuoti, dezinfekuoti ir šalinti įvairių ligoninių ir gydymo įstaigų atliekas. Šis centralizuotas apdorojimo modelis ne tik pagerina apdorojimo efektyvumą, bet ir užtikrina aplinką atitinkantį išmetamųjų dujų, nuotekų ir kietųjų likučių išmetimą per pagalbinę emisijų kontrolės sistemą, atitinkančią tvarios plėtros reikalavimus.