Medicininių atliekų smulkintuvai skirstomi į bendruosius medicininių atliekų smulkintuvus ir aštrių atliekų smulkintuvus. Bendrųjų medicininių atliekų smulkintuvai pirmiausia naudojami bendroms atliekoms, tokioms kaip plastikas, popierius ir audiniai, apdoroti, o aštrių atliekų smulkintuvai yra specialiai sukurti aštriems daiktams, tokiems kaip adatos ir peiliukai. Jų ašmenys ir smulkinimo kameros medžiagos yra tvirtesnės, todėl užtikrinamas saugus smulkinimas ir išvengiama atsitiktinių sužalojimų.
Pagal maitinimo šaltinį smulkintuvus galima suskirstyti į elektrinius ir hidraulinius smulkintuvus. Elektriniai smulkintuvai naudoja variklį peiliams varyti, todėl jų konstrukcija yra paprasta ir paprastas valdymas, tinka mažoms ir vidutinėms gydymo įstaigoms. Hidrauliniuose smulkintuvuose naudojama hidraulinė sistema, užtikrinanti didesnį sukimo momentą, tinkantį didelio intensyvumo, didelio tūrio atliekų apdorojimo scenarijams, pavyzdžiui, didelėms ligoninėms ir centralizuotiems apdorojimo centrams.
Medicininių atliekų smulkintuvus taip pat galima suskirstyti į rankinius / pusiau automatinius ir visiškai automatinius išmaniuosius smulkintuvus. Rankiniai arba pusiau automatiniai smulkintuvai tinka mažoms įstaigoms, kurioms maitinti ir iškrauti reikia rankinio valdymo. Visiškai automatiniai išmanieji smulkintuvai turi automatinį tiekimą, automatinį smulkinimą, automatinį iškrovimą ir išmaniąsias stebėjimo funkcijas. Jie gali automatiškai reguliuoti smulkinimo greitį ir išvesties dalelių dydį pagal atliekų rūšį, pagerindami apdorojimo efektyvumą ir užtikrindami saugumą.